Annatut' NGS QCM 8 Item B

[Biomol'ka]

Coucouu

J'espère que vous allez tous très bien

Voici l'item qui me pose problème : "La technologie de séquençage sur les plateformes Illumina se différencie de celle sur les plateformes
ThermoFischer par l’ajout des 4 désoxynucléotides fluorescents en même temps ". Cet item est compté juste. Je ne comprends pas du tout le rapport. J'ai l'impression que cet élément est ce qui fait la différence entre le séquençage sanger classique et le séquençage automatisé. J'ai beau cherché sur le forum, je ne trouve pas d'explications.. pourriez-vous m'éclairer par rapport à ça svp ?

Merci d'avancee

[Stabilo'drey]

Coucou !

Ce QCM permet de faire la différence entre le séquençage chez ThermoFisher et celui chez Illumina, on ne parle pas du séquençage Sanger.

Chez Illumina : le séquençage se fait grâce à des dntps fluorescents et on enregistre la fluorescence

Chez Thermofisher : pour le séquençage on utilise la variation de pH, et on ajoute les nucléotides 1 à un 1, ils ne sont pas tous directement mélangés dans la réaction, alors que chez Illumina ils sont directement dans la réaction.

Je te met l'extrait de la ronéo qui en parle :

Lorsque la polymérase synthétise le brin complémentaire et qu’elle ajoute un nouveau nucléotide, il y a formation d’une liaison phosphodiester entre les nucléotides.

Cette formation de liaison phosphodiester libère en ions H+ dans le milieu réactionnel, entraînant des variations de pH que les automates vont pouvoir mesurer.

Les nucléotides étant ajoutés séquentiellement en fonction de ce qu’envoie l’automate, on va pouvoir retrouver la séquence de notre gêne. Entre chaque nucléotide envoyé, un lavage est réalisé.

En gros : si l’automate envoie un T et que le pH ne varie pas, alors l’automate ne détectera rien. En revanche, s’il envoie un A et que le pH diminue, c’est qu’il y a eu libération d’un H+. Ceci est dû à la création d’une liaison phosphodiester, qui signifie que le nucléotide suivant était un A. L’automate retranscrit le nucléotide envoyé lors de la variation de pH.

Est ce que c'est plus clair pour toi ?

[Biomol'ka]

Merci beaucoup pour ta réponse !! C'était le "en même temps" qui me dérangeait !

Donc je résume :

Illumina : On ajoute les 4 types de DNTPS fluorescents en même temps. L'automate pourra quand même interpréter la fluorescence de chaque DDNTP.
Thermofisher : On ajoute 1 à 1 les DNTPS pour permettre à l'automate de détecter la variation de pH à chaque DNTP ajouté (autrement dit à chaque liaison phosphodiester créée)

C'est bien ça ?

[Stabilo'drey]

C'est exactement ça ! Tu as parfaitement compris

[Biomol'ka]

Super ! Merci beaucoup