QCM 6 item A et C

[margotchvr]

Coucou !

Pour ce QCM j'ai du mal avec les réponses !
J'avais mis A, car c'est une anomalie que l'on peut détecter par un examen de quantité, puisque s'il y a variant d'épissage on aura une qtt d'ADNc plus importante que le cas sauvage. Donc je ne comprends pas en quoi, meme si ce n'est pas expliqué dans ce sens dans le cours (mais la prof veut qu'on réfléchisse +++ ahah!), la PCR quantitative serait impossible puisqu'on a de l'ADN, et qu'on pourrait grace à la droite étalon, savoir quelle etait la quantité de produit au départ, et donc (par rapport a ce qu'on doit attendre dans le cas sauvage), si il y a eu site crptique d'épissage ou non

Et par rapport à l'item C, il me semblait que la prof avait dit en cours qu'aujourd'hui on ne séquence pas les introns, car on ne sait pas à quel moment se trouve la mutation et que donc ce serait bcp trop long? Du coup l'item C "suivi d'un séquencage" m'a un peu perdue...

Merciiii

[Nom_de_Zeus!]

Hey !

Alors oui la prof veut qu'on réfléchisse mais pas qu'on se prenne la tête

Déjà cet item est faux parce qu'on ne fait pas de PCR quantitative à partir d'ARN, mais même si on avait mis ADN il aurait été faux aussi (j'ai été gentil j'ai mis un double piège )

La PCR quantitative ne pourrait pas détecter une différence significative en terme de quantité d'ADN entre un allèle sain et un variant d'épissage, la séquence rajoutée n'est pas suffisamment longue pour créer une différence visible, même après plusieurs cycles d'amplification !

On n'utilise pas du tout cette technique pour comparer le poids moléculaire de deux séquence (on a la migration électrophorétique pour ça qui est beaucoup plus sensible), la PCR en temps réel permet de déterminer une quantité de matériel génétique, une charge virale, mais pas de comparer une différence trop faible de quelques centaines de nucléotides entre deux séquences !

La prof veut que tu réfléchisses mais sans extrapoler ce qu'elle a dit ni sortir du cadre du cours, réfère toi toujours au schéma bilan, pour un variant d'épissage on ne fait pas de PCR quantitative

C'est très important de ne pas sortir des sentiers battus parce que chaque technique à des indications très précises pour des raisons de spécificité et de sensibilité, tu ne peux pas sortir une technique comme ça de son contexte !

Si la prof n'a pas mentionné cette utilisation de la PCR en temps réel ce n'est pas pour rien, c'est que cette indication n'existe pas inutile de se compliquer encore une fois la seule chose à laquelle tu dois te fier pour répondre à ce genre de QCMs est le schéma bilan +++ (c'est pas faute de le répéter )

Si tu ne comprends pas l'item c'est que tu n'as pas compris cette partie du cours à aucun moment je ne parle d'introns, je parle de l'ADNc

On ne séquence en effet pas les introns parce qu'on ne sait pas interpréter le résultat, là l'idée était de séquencer la version adn de l'ARNm (l'ADNc donc) parce qu'elle contient la portion transcrite et traduite qui aurait dû être épissée

On ne séquence pas un intron, on séquence une portion intronique devenue exonique suite au site cryptique d'épissage, on fait ça pour d'une part s'assurer que l'ARNm est plus long ce qui confirme la théorie du variant d'épissage, et ensuite on veut séquencer ce variant pour mettre en évidence la mutation d'une portion intronique devenue exonique que l'on pourra par conséquent interpréter !

Mais comme il y a un décalage dans la séquence du variant et de l'autre allèle on doit les séparer par clonage moléculaire, c'est tout le concept du cours 2 en fait !

C'est bon ?

[chrisair]

Mais dans le cour on a dit que lors d'un variant d'épissage on ne pouvais pas faire directement un sequençage il fallait faire un clonage moléculaire avant de faire le séquencage
du coup je comprend pas pourquoi l'item c est vraie ?

[margotchvr]

Voilà ahah c’est ça qui me pose problème pour l’item C ! Et pour l’item À Daccord, comme elle avait dit que ça paermettait de savoir exactement la qtt d’adn Introduite au départ je pensais que c’était très précis ?

En tout cas merci pour le pavé d’explication et la rapidité !! C’est du jamais vu ??

[Nom_de_Zeus!]

Le clonage moléculaire est une technique complémentaire utilisée en deuxième intention une fois qu'on s'est assurés que le séquençage était illisible, même en sachant pertinemment qu'on a un variant d'épissage on essaie d'abord un séquençage car le clonage moléculaire est une technique beaucoup plus longue (il faut laisser les bactéries se multiplier) et compliquée, il faut faire une carte de restriction, une sélection blanc / bleu, ce n'est pas quelque chose qu'on réalise tous les jours !

Du coup on procède du plus simple au plus compliqué et il faut pouvoir justifier les dépenses engendrées auprès du laboratoire, si tu leur dit que tu fais directement un clonage parce que tu as un variant d'épissage, ils vont te répondre de quand-même tenter un séquençage parce que c'est plus simple, rapide, moins cher, moins compliqué et que le séquençage est encore une fois le seul gold standard dont on dispose en biologie moléculaire, tout tourne autour du séquençage, comme en soit rien ne nous empêche de faire un séquençage en première intention, on tente quand-même, ne serait-ce que pour pouvoir justifier l'utilisation d'un clonage moléculaire beaucoup plus compliqué à mettre en place derrière !