Réponses du professeur

[Luffylink]

Bonjour

Ici seront postés les éventuelles réponses du professeur à vos questions récurrentes

Mais comme nous n'avons pas encore de réponses, je me permet de poster aussi les questions

Questions

- Un nucléosome est-il formé des 8 molécules d'histones seules, ou alors des 8 molécules d'histones et de l'ADN ?

[Luffylink]

Question 1

Dans la diapo 14 de votre deuxième cours, vous dites qu’une mutation du premier ou du deuxième nucléotide est souvent (mais pas toujours) considérée comme conservative, engendrant un acide aminé de même polarité. Cependant, la mutation du troisième nucléotide est aussi dite conservative, car (il n’y a pas de lien de cause à effet ici) donnant un acide aminé synonyme (le terme d'acide aminé synonyme est faux : on parle de codon synonyme ou d’acide aminé de même nature) .

Ce qu’il faut comprendre sur cette diapositive, c’est que l’organisation du code minimise les conséquences des mutations qui touchent le 1er ou le 2ème nucléotide d’un codon et plus encore de celles qui touchent le 3ème nucléotide. Une mutation du 3ème nucléotide :
Est très souvent conservative, c’est-à-dire qu’il s’agit d’une mutation faux-sens mais qui remplace un acide aminé par un autre de même polarité
Voire neutre, c’est-à-dire qu’il s’agit d’une mutation neutre qui ne change pas du tout l’acide aminé (cf. dégénérescence du code)

Dans le tableau du code, il existe 16 boites et dans chaque boite quatre lignes (Ex Boite Valine). Chaque ligne correspond à un choix différend pour le 3ème nucléotide et indique l’acide aminé correspondant. Comme on le voit très bien, la quasi-totalité de ces boites à une couleur uniforme (acide aminé de même nature, donc mutation conservative) voire contient le même acide aminé (mutation neutre)

Les étudiants se demandent donc s’ils doivent considérer toute mutation de nucléotide comme conservative.

Dire que toute mutation de nucléotide est conservative n’a pas de sens ! Que fait-on des mutations faux sens qui remplacent un a.a par un autre de nature différente par ex. AGU > AGG (Ser > Arg) ou des mutations non-sens comme GCG > GAG (Ala > Glu)?

Question 2

Les étudiants se posent la question de quel élément de la machinerie de transcription ouvre la double hélice d’ADN : les sources divergent, désignant l’une ou l’autre l’ARN polymérase ou le facteur de transcription TFIIH
Quel serait votre point de vue ?

Je n’en ai pas parlé cette année mais il s’agit bien de TFIIH qui possède à la fois une activité kinase, qui phosphoryle et active l’ARN Pol II, et hélicase qui ouvre la double hélice

Question 3

Dans la diapo 17 de votre cours 2, vous dites que la désamination de l’Adénine en Inosine dans l’ARNt est systématique
Cependant, dans la diapo 20, sous le tableau des possibilités de Wooble, cette désamination devient fréquente
Quelle version les étudiants devraient-ils retenir ?

Il faut oublier le mot systématique qui induit la confusion
Lorsque l’inosine est présente, elle provient forcément de la désamination de l’adénine en hypoxanthine, mais l’adénine n’est pas systématiquement désaminée dans l’ARNt

Question 4

Les étudiants se posent la question de la nature précise du nucléosome :

Est-ce que le complexe protéique d’Histones doit nécessairement être associé à de l’ADN pour être considéré comme un nucléosome ? Oui

Question 5

Toujours sur le nucléosome :

Dans votre diapo, la fibre de chromatine est dite comme le premier niveau de compaction

La question d’un étudiant est : est-ce que le nucléosome, seul, pourrait être considéré comme un niveau de compaction ?

Il pourrait mais seul il ne compacterait pas grand-chose ... Jpp mdr
Considérez que les deux propositions sont valables : le nucléosome (ou la fibre de chromatine) est le 1er niveau de compaction

Question 6

Dans la diapo 17 du deuxième cours, par rapport aux bases mineures de l’ARNt :

Comme exemples de bases mineures, sont citées l’inosine, les dérivés d’uridine, etc.

La question est : ne sont-ce pas plutôt des nucléosides ?

Si l’inosine provient de la désamination de la base Adénine en hypoxanthine, ne devrait-elle pas être considérée comme un nucléoside ?

Cette remarque est tout à fait exacte, on a trop tendance par simplification à confondre bases, nucléosides et nucléotides : L’inosine est un nucléoside et non une base

Faut-il faire la distinction base azotée / nucléoside mineur pour l’ARNt mature ?

Non. L’ARNt contient des bases azotée mineures qui forment donc des nucléosides (comme l’inosine) et des nucléotides mineurs

Question 7

Par rapport à la notion de brin « codant » et « non codant » d’un gène :

Vous avez répondu aux tutrices de l’année dernière que cette notion était fausse par rapport à ce qui se passait réellement dans la cellule, et qu’un item se rapportant aux brins codants ne tomberait pas au concours

Ici je n'ai pas de réponse satisfaisante, malheureusement, le Professeur Naïmi ayant confondu avec une question se rapportant à un brin d'ADN
La suite au prochain épisode

[Luffylink]

Question 1

La diapo 21 du poly 2 traite des acides aminés modifiés pouvant éventuellement se retrouver dans les protéines. Vous mentionnez qu’ils sont issus de modifications post-traductionnelles.
Or l’exemple de la sélénocystéine prend le cas d’un acide aminé incorporé durant la traduction, donc issue d’une modification co-traductionnelle.

Comme vous y avez très bien répondu sur le forum, le titre s’adresse aux acides aminés classiques qui sont modifiés après traduction…Le sélénocystéine est une exception incorporée durant la traduction

Question 2

Pour un item se rapportant au nombre d’allèles propre à un gène :
Faudrait-il retenir la version à deux allèles de l’hérédité Mendélienne, ou celle du multi-allélisme indiquée dans les exceptions à cette hérédité ?

Les deux versions sont à retenir : deux allèles dans l’hérédité mendélienne et plusieurs dans l’hérédité multi allélique
Une question sur ce sujet devra être précise pour que l’on sache de quoi on parle

Question 3 : Brin codant, Round 2

L'année dernière, vous aviez compté faux l'item de tutorat : "au niveau d'un gène donné, on distingue un brin codant et un brin non-codant"

Encore une fois je ne sais plus dans quel contexte était formulée la question mais cela m’étonne car cela figure texto dans le cours…Quoi qu’il en soit la version est qu’il existe un brin codant et non codant

Le petit mot de la fin qui fait plaisir :
Concernant les inquiétudes des étudiants, je tiens à préciser que je consulte la grande majorité des questions et réponses postées sur le forum et que je ne manquerais pas de vous contacter en cas de problème quelconque

[Luffylink]

Question 1

Considériez-vous, concernant la participation de l’ARN à l’expression des gènes, la notion de participation directe ou indirecte ?

Il faut oublier cette distinction qui embrouille plus qu’autre chose

Question 2

Concernant la structure de l’amorce dans la réplication :
Pour cette année, serait-elle composée uniquement d’ADN ou d’un mélange hybride ADN / ARN ?

La notion d’hybride n’est pas claire et à volontairement été supprimée donc ADN

Question 3

Cette question est venue dans le contexte de régulation transcriptionnelle de l’opéron.
Lorsqu’une régulation se fait en amont du processus (la protéine LacI bloque la transcription de l’opéron), considériez-vous que cette régulation se produit également en aval ? (la protéine LacI bloque la traduction ?)

Non, c’est une régulation transcriptionnelle, une régulation post-transcriptionnelle ou au niveau de la traduction sous-entend qu’il y a bien un ARNm

Pour le partiel, les P1 ont-ils seulement besoin de retenir l’effet immédiat de la régulation ? Oui

Question 4

Une étudiante a relevé que lors que vous mentionniez la structure primaire de l’ARN dans votre premier cours, les bases azotées n’étaient, apparemment, pas incluses dans cette structure.
Les bases azotées font elles partie de la structure primaire de l’ADN et de l’ARN ?

Oui, la structure primaire de l’ADN ou de l’ARN est l’enchainement linéaire des nucléotides

Question 5

Cette dernière question nous a été posée dans le contexte du QCM 2 du Concours Blanc :
Mon collègue Sylvain a proposé un QCM qui, je crois, reprenait l’un des votres lors d’une année précédente
Le problème est apparu dans l’écriture de la séquence de l’anticodon d’ARNt propre à un codon d’ARNm, ce dernier étant écrit dans le sens 5’ – 3’

Or, dans le QCM, nous n’avons pas spécifié de sens de lecture de l’anticodon, en demandant simplement l’anticodon associé au codon de l’énoncé.

Nous l’avons donc placé dans le sens 5’ – 3’, tel que la convention le demande
Les P1 se demandent maintenant s’il n’aurait pas fallu le marquer dans le sens 3’ – 5’, étant une séquence antiparallèle

Quel serait votre point de vue ?

Peu importe dans la mesure où l’on sait que le sens de lecture doit être 5’-3’ et que l’appariement est antiparallèle.