PKa différence entre chimie organique et biochimie

[LAMsa]

Bonjour chers tuts !

S'il vous plait, le couple acide base acide carboxylique/ion carboxylate a un pKa de 5 en chimie organique, alors que dans les diapos du profs de l'année dernière, il est de 2,2 !! Que retenir ?

Concernant la structure secondaire des protéines, je n'ai pas compris la notion de "pas" à droit vers le C-term pour l'hélice Alpha et inexistante pour le feuillet béta. A quoi cela correspond-il svp ?

Merci

[thomas086]

Salut

Alors tout d'abord les deux versions ne sont pas totalement contradictoires ! Le pka change selon chaque molécule, même la fonction acide des AA n'a pas toujours le même pka. En effet, tu dois savoir que la caractère acide dépend de la stabilité des formes acides et basiques du couple par les processus de mésomérie notamment (n'hésite pas embêter les tut d'orga pour moi ça commence à dater tout ça)

Quand le prof parle d'un pka de 2,2 c'est par rapport à la configuration de l'acide aminé, il donne une valeur générale par rapport à laquelle les pka des AA ne varient pas beaucoup ! Tu peux retenir 2,2 en tout cas pour la biochimie (pour moi c'est plus un exemple qu'une véritable valeur à retenir cependant)

Pour la structure secondaire des protéines je vais illustrer mon propos avec cette image

Sans titre.png (90.13 Kio) Vu 257 fois

La notion de pas correspond à l'écartement entre 2 tours d'hélice (il est donc normal qu'il n'y ait pas pour le feillet-B)
Le pas à droite signifie seulement qu'en partent de N-term l'hélice vas tourner ver la droite, la chaîne d'AA vas aller vers la droite (comme sur l'image)

Est-ce que c'est ok ?

[LAMsa]

C'est parfait !! Merci beaucoup et bonne journée