Ronéo n°1 - Séquençage (méthode de Sanger)

[C-laire]

Coucou Chob !

Dans ta (superbe) ronéo, pour la méthode de Sanger (page 12), tu dis qu'il faut connaitre les bornes d'amont & d'aval (comme pour la PCR).

Pourtant, on met qu'une seule amorce (logique puisqu'on veut séquencer, tous les fragments doivent "partir du même endroit") ; elle correspond seulement à la séquence d'amont, non ?
Et comme tu le dis après : "un des deux brins n'est donc pas du tout utilisé", contrairement à la PCR on la on a bien besoin de connaitre la séquence d'aval aussi puisqu'on met des amorces sur les 2 brins après dénaturation (le but étant d'amplifier l'ADN).

Je sais pas si je me suis bien faite comprendre ... Mais en gros ma question c'est "Pourquoi on devrait connaitre la séquence d'aval pour la méthode de Sanger ?"

PS : merci beaucoup beaucoup pour la ronéo, elle est vraiment nickel !!!

[Kardajian]

Salut !

Je pense qu'on a besoin de la séquence d'aval pour savoir où s'arrêter

[C-laire]

Désolé pour la réponse tardive, mais merci pour ta réponse

[Chob]

Salut !

Oui voilà, c'est pour "délimiter" la région qu'on veut séquencer. On doit connaitre les séquences d'amont et d'aval de cette région pour l'encadrer.

Et merci

[C-laire]

Merciiiiii beaucoup

[oxaloacétate]

Salut
Moi j'ai pas trop compris ce passage...

D'un côté on a : "hybridation d'une amorce", "une des ≠ avec la PCR est que pour le séquençage, on ne va mettre qu'une seule amorce dans notre tube"

Mais il y a aussi écrit qu'on utilise des amorces complémentaires aux bornes d'amont et d'aval --> du coup on n'en a pas qu'une seule.
Et puis en plus, dans tous les cas, il faut en mettre plein non ? puisqu'à le fin on obtient plusieurs fragments, et qu'il y a bien une amorce par fragment.

Merci d'avance

[Chob]

Je pense que quand on dit qu'on utilise qu'une seule amorce, on parle de l'amorce à partir de laquelle on synthétise les brins. Et même si on synthétise plusieurs brins, c'est toujours le même "type" d'amorce avec toujours la même séquence / le même oligonucléotide qui s'hydribe toujours au même endroit.

Mais je poserai la question à la prof pour plus de clarté !
(J'attends encore quelques potentielles questions auxquelles je ne pourrais répondre pour envoyer un mail aux profs, histoire de pas leur en envoyer à chaque fois dès que j'ai une question pour elles)

[oxaloacétate]

Ok super merci bcp de demander à la prof !
C'est sûrement ce que tu as dit, mais dans ce cas pourquoi elle dit que c'est une différence avec la PCR ? Parce que dans la PCR aussi on n'a qu'un seul "type" d'amorce non ? puisque le but est d'amplifier une région précise du génome...

[oxaloacétate]

Salut,

(J'attends encore quelques potentielles questions auxquelles je ne pourrais répondre pour envoyer un mail aux profs, histoire de pas leur en envoyer à chaque fois dès que j'ai une question pour elles)

Ou en sont les questions maintenant ? J'espère qu'il y en aura bientôt assez !
Merci.

[Chob]

J'attends le CCB, et j'envoies tout à partir du 1er mai !