Annatut 2019/20, chap 1, QCM7

[JaneEyre]

Bonjooooour la Bioch

Alors j'ai un petit soucis, je ne comprends vraiment pas ce genre de QCM :

QCM 7 de la pls

Comment sait on quel Pka il faut utiliser parmis ceux qu'on nous donne à chaque fois je me trompe je suis en pls ahah j'ai beau lire et chercher des post je n'y arrive pas, pouvez vous m'aider svppp ?

Merciiiii BEAUCOUP !

[Marianémie]

Coucou! Alors pour ce genre de Qcm ce que tu fais c'est que (je te détaille tout):
- sur une feuille tu pose tes 3 pka de manière croissante avec le tableau (comme dans le cours): 2,3 ; 6,04 et 9,1.
- Ensuite tu dessines la structure de ton AA. Donc tu poses la structure commune de l'AA: le carbone centrale, le H en bas, le NH3+ à gauche et le COOH à droite. Puis tu poses ton groupement spécifique cad la chaine latérale R. Si par exemple ton QCM parle de l'AA qui est l'Histidine, ta chaine latérale R est un amine: NH3+.
-Donc lorsque ton AA est totalement protoné on a un PH<Pka 2,3<pka 6,04 < pka 9,1. Donc tout le monde est protoné (sous la forme COOH et NH3+). Ici On a en tout: 2 charges positives (+) car 2 NH3+ donc une charge globale de 2+.
- Si on rajoute une base, On a le pH qui passe a: pka 2,3 < PH< Pka 6,04 < Pka 9,1. Donc ici c'est le COOH qui perd son proton. Il passe sous forme Basique (COO-). On a une charge négative (-) et 2 charges positives ( tjrs les 2 NH3+protonés). Donc ça fais une charge globale de +1.
- Ensuite on rajoute encore une base et on obtient: pka 2,3< pka 6,4 < PH < pka 9,1. Ici c'est un des deux NH3+ ( de la chaine latérale R ou de la structure commune de l' AA) qui perd un H et qui passe sous forme basique: NH2. On perd une charge positive et on obtient une charge globale nulle-> forme zwitterionique. Donc dès que tu obtiens cette forme zwitterionique tu prends les deux PKA autour du PH ici 6,4 et 9,1 et tu fais leur somme en divisant par 2. Voila et tu as la reponse à ton QCM !
J'espere que ça t'auras aidé

[JaneEyre]

Whaouh j’ai compris donc MERCI !
Juste il y a deux points qui me reste un peu « flou » :
1er/ où pourrait on trouver un tableau recap de chaque R de chaque AA car il me semble que dans le cours certain AA n’ont pas leur R mentionne (quel est le R de l’argine ? Aspartate ? Methionine ?)
2e/ pourquoi au pKa le plus élevé qu’un seul NH3+ perd son proton et non les deux ?

Voilà encore merci de ton aide

[Marianémie]

Alors bon déjà, en ce qui concerne ta première question ne t'en fais pas une fiche va bientôt sortir avec tout ça en récap! Et pour L'aspartate c'est une fonction carboxylique, la methionine c'est une chaine aliphatique et l'arginine c'est une fonction amine!

En ce qui concerne ta deuxième question: à ma précédente réponse je me suis arrêtée au PH qui se situe entre le pka 6,4 et pka 9,1 puisque j'avais obtenu ma forme zwitterionique. Puisque je rappelle qu'à ce stade mon groupement carboxylique avait perdu un H et un des 2 groupements amine avait perdu aussi le sien: on obtient sur notre AA: 1 COO-, 1 NH2 et 1 NH3+. On remarque qu'on a bien une charge positive (NH3+) et une charge négative (COO-): donc les deux charges s'annulent et donc on a la forme zwitterionique.
Cependant si je reprends la où je m'étais arrêté la dernière fois et que je rajoute encore une base je vais avoir: pka 2,3< pka 6,4< pka 9,1< PH. Et c'est la que mon dernier NH3+ perd un proton -> NH2. Et sur mon AA je peux observer maintenant que j'ai 1 groupement COO- et 2 groupements NH2. J'ai une charge négative de mon COO- donc ma charge globale est de -1.
Mais dans ton QCM il faut vrmt que tu t'arrêtes au moment où tu obtiens une charge globale nulle et tu poses les deux PKa (tu fais leur somme et tu divises par 2) qui entourent ton PH à ce moment la.
Voila j'espère que c'est plus clair

[JaneEyre]

Oui tout est parfaitement clair ! Merci d'avoir pris de ton temps pour m'aider, tu me sauves ces QCM ahah !

[Marianémie]

De rien N'oublie pas de mettre en résolu quand tu pourras!