Hey !
Ce n'est pas du tout arbitraire et si on utilise ta méthode on trouve le mauvais résultat
Tu es d'accord pour dire que l'on obtient des fragments de 600, 650 et 250 pb je ne reviens donc pas dessus.
Maintenant si je suis ta logique je trouve donc la taille du dernier fragment en faisant 1700 - 200 =
1500 pbSi tu appliques la méthodologie que je vous ai donnée, l'étape finale consiste à vérifier que la somme de tous nos fragments corresponde bien au total du plasmide (et de l'insert si on est dans ce cas de figure). Là tu as cherché à calculer le cas où le plasmide ne contient pas d'insert, si on ajoute tous nos fragments le total est donc supposé faire 2500 (puisque mon plasmide sans insert contient 2500 pb)
Or si on fait 600 + 650 + 250 + 1500 on obtient un total de 3000 pb qui ne correspond pas au cas où le plasmide n'a pas d'insert (on devrait avoir 2500) mais qui ne correspond pas non plus au cas où le plasmide a intégré un insert (on obtiendrait un total de 2500 + 400 = 2900 pb)
Tu te rends bien compte de toi-même sans avoir à regarder la correction que ta méthode ne marche pas !
Si je vous ai dit de faire comme cela ce n'est pas pour vous embêter mais parce que c'est la façon la plus rapide et directe d'aboutir au BON résultat !
Maintenant pourquoi ta méthode ne fonctionne pas ?
Tu ne dois pas oublier que
le plasmide se lit dans le sens des aiguilles d'une montre, et que dans ce cas de figure le fragment s'étendant de la position 1700 à la position 200 passe par la position nucléotidique "2500" du plasmide.
Imagine que
le plasmide est une horloge, le "2500" correspond à
un tour complet du plasmide puisqu'il fait 2500 pb, la position 2500 se trouve donc à la place du 12 d'un cadran d'horloge.
Du coup si tu fais 1700 - 200 tu retomberas toujours sur 1500, or le plasmide fait 2500 pb sans insert donc mécaniquement puisque tu as trouvé trois des quatre fragments au total, la taille du quatrième est forcément égale au total du plasmide moins la somme de ces trois premiers fragments ! (puisqu'il n'y en a pas d'autre de générés et qu'on ne perd pas de paires de bases, on coupe juste)
2500 (le total) - 1500 (la somme des trois fragments) est la méthode la plus rapide et la plus directe pour trouver le fragment manquant !
Si tu veux absolument calculer ce dernier fragment comme les autres sans passer par cette astuce que tu juges "arbitraire", tu peux le faire aussi, mais il faut
prendre en compte le 2500 qui n'est pas écrit sur la carte de restriction mais qui est positionné tout en haut, encore une fois là où tu placerais le 12 sur un cadran d'horloge (donc entre le 1700 et le 200 quand tu lis la carte dans le sens des aiguilles d'une montre).
Tu recoupes donc ce quatrième fragment dans ta tête en prenant en compte le point 2500.
Tu as alors cinq positions à repérer sur ta carte de restriction, en prenant en compte les sites de coupures des enzymes de restriction utilisées : 200, 450, 1100, 1700 et 2500.
Entre la fin du plasmide (la position 2500) et la position 200, il y a 200 pb (après 2500
on recompte à partir de zéro exactement comme quand on lit l'heure puisqu'on vient de faire un tour complet, on repart donc sur un nouveau tour).
Ensuite, entre 1700 et ce point 2500, il y a 2500 - 1700 = 800 pb.
Le quatrième fragment est donc égal à la somme de deux bouts de part et d'autre de la position 2500 : 800 + 200 = 1000 pb !
On trouve pour rappel exactement le même résultat que si on fait le total - la somme des trois autres fragments = 2500 - (650 + 600 + 250) = 2500 - 1500 = 1000 pb
Tu peux également vérifier que la somme des quatre fragments est égale au total du plasmide : 650 + 600 + 250 + (800 + 200) = 650 + 600 + 250 + 1000 = 2500 pb !
Tu peux utiliser la méthode que tu veux si tu trouves celle-ci plus simple, c'est toi qui vois, mais celle dont je vous ai parlé à la Tut rentrée et qui est présentée dans la fiche de méthodologie est quand-même selon moi plus simple et plus rapide !
Est-ce que c'est bon ?
![[Résolu]](././styles/prosilver/imageset/icon_topic_solved.gif "[Résolu]"){kind=icon}
