Achondroplasie

[Léo.sg]

Bonjour ?
Je comprends pas bien, quand on dit par exemple que la mutation de l'allele c.1138G>A ça concerne le brin codant ou le brin complémentaire ?
Parce que dans l'enadré de la ronéo 1 page 14, au début on nous dit que le c veut dire complémentaire, puis après on nous dit que ça veut dire codant. Du coup je comprends pas bien ?

Surtout que je pensait que dans une mutation, on parlait généralement de la mutation sur le brin codant sauf que d'après ce que coupent hpall et bfml on coupe le complémentaire et le fait qu'on nous rabâche toutes les 5 lignes que c'est une méthode indirect, j'en déduis que la mutation du nucleotide 1138 en G>C ou G>A c'est la mutation qu'on observe sur le brin matrice c'est ça ?

Merci d'avance ?

[MistikBlue]

Salut, j'allais ajouter des trucs à ta question, mais en l'écrivant, je pense avoir compris le pourquoi du comment :

Dans la ronéo 1, on nous dit que la Guanine est remplacée soit par l'Adénosine, soit par la Cytosine sur le brin complémentaire ; je pense que complémentaire et codant ne s'excluent pas l'un l'autre.
De +, dans la ronéo 2 (page 6), on reparle de la mutation de l'achondroplasie, et on nous dit qu'en regardant le gel d'électrophorèse en séquençage Sanger, on observe qu'une Guanine a été changée en Adénosine... En fait, on observe la mutation sur le brin complémentaire, ainsi quand on lit "A", on doit penser que sur le brin matrice, c'est un "T".

Du coup, sur le brin complémentaire, on observera "c.1138 G>A" ou "c.1138 G>C", mais on devra penser que sur le brin matrice, on a une Thymine/Guanine (donc à la place du A/C sur le séquençage) à la place d'une Cytosine (A la place du G initialement lu sur le séquençage)...

Après, j'attends évidemment la confirmation d'un tuteur, parce que c'était pas très clair pour moi non plus jusqu'à il y a 10 minutes haha !

[Léo.sg]

Ouai c'est un peu ce que j'ai compris en écrivant mon message, mais du coup, je crois bien que complémentaire et codant s'excluent puisque l'autre nom du complémentaire, c'est le non-codant ou encore le brin matrice. Mais du coup, notre produit PCR est un morceau de brin non codant puisqu'il est complémentaire au brin codant, et du coup, grâce au travail des enzymes de restriction on en déduis la mutation du brin non codant, et il faudra du coup extrapoler la mutation du brin codant qui du coup sera du genre C>T ou C>G si j'ai bien compris. Du coup au final, voilà mes deux questions:
Peut on dire que par exemple, c.1138G>A = 1138C>T ?
Et est ce que la seul différence entre la méthode indirect et la méthode direct, c'est que la méthode indirect se fait par déduction de la mutation en fonction de ce que coupent les enzymes de restriction puis extrapolation de cette mutation du brin non-codant au brin codant (donc inversion des nucleotides) alors que la méthode direct consiste uniquement en une inversion des nucleotides obtenue par séquencage c'est ça ?

[louuu]

Hellooooow

Je vais juste vous faire un bb rappel de biomol sur brin codant / non codant :
le brin codant c'est celui qui contient l'information génétique, c'est celui au quel l'ARNm va ressembler (fin ça va être le meme, juste T>U)
le brin non codant c'est celui qui est complémentaire au brin codant et qui va servir de matrice pour fabriquer l'ARNm (de façon a ce que par complémentarité, cet ARNm soit le même que le brin codant)

Pour ce qui du "c" qui vous embête, il veut dire que c'est sur la séquence CODANTE donc sur le brin codant que la mutation a lieu, puis cette mutation va être transcrite en ARNm qui va être traduit et aboutir à la mutation (j'ai fait des recherches sur internet etc... mais si vous voulez on posera la question au Professeur quand même).
Mais pour ta 1ère question, il ne me semble pas que ça soit juste de dire ça, j'attends quand même l'avis de mon co-tut pour être sûre !

Ensuite, la différence entre une méthode directe et indirecte c'est que dans la méthode directe, on va directement étudier la séquence telle qu'elle, on ne va pas passer par différentes étapes contrairement à la méthode indirecte où on va passer par des "étapes" en plus (c'est imagé pour que vous compreniez).
Par exemple ici, on étudie pas directement la séquence puisqu'on passe par des enzymes qui vont couper et ensuite on va analyser ce produit.

C'est bon pour vous ?

[Nom_de_Zeus!]

Hey !

Ma co-tut a raison, pour ta première question c'est totalement faux de dire ça, le "C." veut dire codant mais n'a rien à voir avec ce qu'a écrit la ronéiste qui est faux je viens d'aller voir la ronéo: cDNA veut bien dire coding DNa mais ce n'est pas du tout la traduction d'ADNc qui veut dire ADN complémentaire (simple brin d'ADN obtenu par transcription inverse à partir d'un ARN) ce sont deux notions totalement différentes !
Les mutations sont définies par rapport à la nature de la substitution dans le brin codant (je vous rappelle que le brin non codant sert de matrice et que l'ARNm a donc une structure semblable à celle du brin codant avec U>T)

L'histoire de méthode directe ou indirecte n'a strictement aucun rapport avec le fait de couper le brin codant ou le brin non codant: cette méthode est complémentaire car elle n'identifie / ne séquence pas directement la mutation, elle atteste de la présence de la mutation indirectement uniquement par le fait que l'enzyme coupe ou pas, alors que le séquençage au contraire est une méthode directe car il n'y a pas d'intermédiaire, on va visualiser directement la mutation en la séquençant on n'a pas besoin d'utiliser un intermédiaire qui est l'enzyme !

Dans la ronéo 1 il faudrait remplacer brin complémentaire par brin codant, la mutation définie en tant que telle correspond à la substitution sur le brin codant (qui certes aura des répercussions sur le brin complémentaire mais par complémentarité, la mutation sera donc définie de manière "inversée" / complémentaire)

[Léo.sg]

Oula merci deja, avec une réponse aussi grande vous devriez écrire des bouquins. Non franchement merci, mais du coup le dernier truc que je comprends pas (c'est ce que tu semble avoir d'écrit à la fin mais j'ai pas bien compris):
De ce que j'ai compris, dans la méthode indirect, les enzymes de restriction coupentrrespectivement quand G>C ou G>A, sauf qu'elles coupent le produit PCR qui est donc une amplification de quoi ? Du brin codant ou du brin non codant ? Parce que jusqu'à maintenant je croyais que le produit PCR était une amplification du brin non codant, et donc que la mutation mise en évidence par les enzymes de restriction était celle sur le brin non codant, et que du coup la mutation du brin codant est soir C>T ou C>G mais p'tetre que je dis de la grosse merde, si le produit PCR est en fait une amplification du brin codant ? J'étais parti du postulat que la PCR amplifiait le brin non codant mais p'tetre qu'il faut juste que j'arrête de postuler ?

[Nom_de_Zeus!]

Le produit PCR est une amplification du brin codant (en gros on obtient plein de fois la séquence du brin codant qui nous intéresse pas celle du brin non codant)

Mais ce qui n'est pas dit en cours (parce qu'encore une fois c'est beaucoup trop compliqué pour la paces et que vous nous demandez de vous expliquer des choses qui demandent d'autres explications qui elles-mêmes demandent d'autres explications etc... Et on s'en sort plus ) c'est que la PCR n'est pas une simple réplication d'un seul brin, ce sont plusieurs réactions croisées qui utilisent un coup la séquence du brin codant et un coup la séquence du brin non codant pour au final isoler en grande quantité la séquence du brin codant qui nous intéresse j'ai un peu plus détaillé le mécanisme de la PCR (totalement hors programme) ici: https://www.carabinsnicois.fr/phpbb/vie ... 0&t=116346

Retenez juste que les enzymes coupent le produit PCR qui est une amplification du brin codant muté G>A ou G>C point on ne vous demandera jamais de détailler la nomenclature d'une mutation ou de savoir si ça correspond au brin codant ou non codant la prof n'en parlait même pas pas les autres années et ça ne l'intéresse pas !

[Léo.sg]

Franchement merci, j'ai tout compris avec ton explication sur l'autre post, merci à vous deux, l'UE11 n'est pas le meilleur des UE mais vous, vous êtes dans les meilleurs des tuteurs, vous prenez le temps de nous écrire des romans, et en 1h on a la réponse quand à côté dans certains autres UE on a toujours pas de réponses après 1 mois, donc franchement, merci à vous deux, vous méritez un pin's de "meilleurs tuteurs du meilleur tutorat" ? ouai je pousse le délire loin mais merci quoi

[Nom_de_Zeus!]

Je te remercie beaucoup pour ton message

Par contre désolé mais l'UE 11 est LA meilleure des UE
On a des Plasmides et le Grand Maître de la Base Azotée, que demande le peuple ?

[Léo.sg]

Non faut pas exagérer, la vérité doit être établie, l'UE11 vaut à peine mieux qu'un cours de stacini ?